ここで問題だが、自身の生き様としては誇り高き武士に固執し、妻にも「士之女房」の教養を押し付けるほどの彼が、一方では武士以外の身分層に期待するような軍隊を結成したというのはどうにも矛盾しているのである。後年、怒りのあまり赤禰武人（奇兵隊三代目総管）を「土百姓」と罵倒したことから、高杉は身分制度肯定の人物だという見方があるが、その程度なら勢いのあまりつい口汚い言葉を吐いてしまったと見れなくもない。
むしろ注目すべきは、功山寺挙兵を経て長州の藩論が武備恭順に統一されたのち、奇兵隊をはじめとする諸隊が藩内の一大勢力になることを危惧した内容の書面を諸隊の幹部に宛てて発していることである。
「萩表之様子を察るに既に政府一新、干城隊も確たる事故、内憂を消滅する儀は政府諸君子、干城隊之諸壮士に任置き、諸隊之者は手を分外患を防禦する事急務ならむ。（中略）干城隊日に盛になり、民心日に鎮静する様、諸隊はより心を添候様有之度ならむ。」（太田市之進ほか七名あて 元治二年二月二十三日）
山口県下関市長府川端1丁目 金山功山寺 高杉晋作挙兵像
元治元年（1864）12月の功山寺挙兵に端を発する長州藩内訌戦により佐幕派の俗論党政権が倒れ、藩政府が一新されると撰鋒隊は解体され、やはり上級家臣による干城隊（かんじょうたい）が新たに組織された。ゆえに藩の内政は刷新された政府員及び干城隊に任せ、諸隊は外患に備える事が急務である。（中略）また、干城隊が日々整備され、民心が鎮撫されるよう諸隊にも協力してもらいたいというのである。
ちなみに、この干城隊は世禄隊という別名の通り、八組士や遠近附士といった門閥・上級家臣のみで構成された軍隊であるが、俗論党政府の頃は日和見、もしくは従属していた系統の人々である。
一方の奇兵隊はじめ諸隊は、クーデターで俗論党政府を倒した実績もあって、この前まで日和見だった干城隊にも侮蔑のような意識がある。しかも、あまりに勢力が大きくなり過ぎたため、新しい藩政府に介入しようとしたり、至る所で乱暴狼藉を起こした。またしても、両者の間に軋轢が生じる。
